Index: mttroot/mtt/lib/rep/nppp_rep.make
==================================================================
--- mttroot/mtt/lib/rep/nppp_rep.make
+++ mttroot/mtt/lib/rep/nppp_rep.make
@@ -12,16 +12,10 @@
                    s${SYS}_numpar.m s${SYS}_input.m s${SYS}_ode2odes.m\
                    s${SYS}_ssim.m s${SYS}_def.m
 
 all: ${SYS}_nppp.${LANG}
 
-${SYS}_nppp.help_short:
-	nppp_rep.sh ${SYS} help_short
-
-${SYS}_nppp.help_long:
-	nppp_rep.sh ${SYS} help_long
-
 ${SYS}_nppp.view: ${SYS}_nppp.ps
 	echo Viewing ${SYS}_nppp.ps; ghostview ${SYS}_nppp.ps&
 
 ${SYS}_nppp.ps: ${SYS}_nppp.fig
 	nppp_rep.sh ${SYS} ps
@@ -44,57 +38,73 @@
 
 ## System model reps
 ${SYS}_sympar.m:
 	mtt ${OPTS} -q -stdin ${SYS} sympar m
 
-${SYS}_simpar.m:
+${SYS}_simpar.m: ${SYS}_simpar.txt
 	mtt ${OPTS} -q -stdin ${SYS} simpar m
 
-${SYS}_state.m:
+${SYS}_state.m: ${SYS}_state.txt
 	mtt ${OPTS} -q -stdin ${SYS} state m
 
-${SYS}_numpar.m:
+${SYS}_state.txt: 
+	mtt ${OPTS} -q -stdin ${SYS} state txt
+
+${SYS}_numpar.m: ${SYS}_numpar.txt
 	mtt ${OPTS} -q -stdin ${SYS} numpar m
 
-${SYS}_input.m:
+${SYS}_input.m: ${SYS}_input.txt
 	mtt ${OPTS} -q -stdin ${SYS} input m
 
-${SYS}_ode2odes.m:
+${SYS}_input.txt: 
+	mtt ${OPTS} -q -stdin ${SYS} input txt
+
+${SYS}_ode2odes.m: ${SYS}_rdae.r
 	mtt ${OPTS} -q -stdin ${SYS} ode2odes m
 
-${SYS}_sim.m:
+${SYS}_sim.m: ${SYS}_ode2odes.m
 	mtt ${OPTS} -q -stdin ${SYS} sim m
 
-${SYS}_def.m:
+${SYS}_def.m: ${SYS}_def.r
 	mtt ${OPTS} -q -stdin ${SYS} def m
 
-${SYS}_def.r:
+${SYS}_def.r: ${SYS}_abg.fig
 	mtt ${OPTS} -q -stdin ${SYS} def r
 
+${SYS}_rdae.r: 
+	mtt ${OPTS} -q -stdin ${SYS} rdae r
 
 ## Sensitivity model reps
 s${SYS}_sympar.m:
 	mtt -q -stdin ${OPTS} -s s${SYS} sympar m
 
 s${SYS}_simpar.m:
 	mtt -q -stdin ${OPTS} -s s${SYS} simpar m
 
-s${SYS}_state.m:
+s${SYS}_state.m: s${SYS}_state.txt
 	mtt -q -stdin ${OPTS} -s s${SYS} state m
 
-s${SYS}_numpar.m:
+s${SYS}_state.txt: 
+	mtt -q -stdin ${OPTS} -s s${SYS} state txt
+
+s${SYS}_numpar.m: s${SYS}_numpar.txt
 	mtt -q -stdin ${OPTS} -s s${SYS} numpar m
 
-s${SYS}_input.m:
+s${SYS}_input.m: s${SYS}_input.txt
 	mtt -q -stdin ${OPTS} -s s${SYS} input m
 
-s${SYS}_ode2odes.m:
+s${SYS}_input.txt:
+	mtt -q -stdin ${OPTS} -s s${SYS} input txt
+
+s${SYS}_ode2odes.m: s${SYS}_rdae.r
 	mtt -q -stdin ${OPTS} -s s${SYS} ode2odes m
 
 s${SYS}_ssim.m:
 	mtt -q -stdin ${OPTS} -s s${SYS} ssim m
 
 s${SYS}_def.m:
 	mtt -q -stdin ${OPTS} -s s${SYS} def m
 
+s${SYS}_rdae.r: 
+	mtt ${OPTS} -q -stdin -s s${SYS} rdae r
 
 

Index: mttroot/mtt/lib/rep/nppp_rep.sh
==================================================================
--- mttroot/mtt/lib/rep/nppp_rep.sh
+++ mttroot/mtt/lib/rep/nppp_rep.sh
@@ -293,19 +293,11 @@
         ## Make the code
         make_nppp;
 	;;
     dat2)
 	## The dat2 language (output data)
-	if [ -f "${dat2_file}" ]; then
-	  if [ "${dat2_file}" -ot "${nppp_numpar_file}" ]; then
-	    make_dat2; 
-	  else 
-	    echo Using ${dat2_file}
-	  fi
-	else
-	  make_dat2;    
-        fi
+	make_dat2; 
 	;;
     gdat)
         cp ${dat2_file} ${dat2s_file} 
 	dat22dat ${sys} ${rep} 
         dat2gdat ${sys} ${rep}