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Overview
| Comment: | slide della lezione 7, dimenticate nel precedente commit |
|---|---|
| Downloads: | Tarball | ZIP archive | SQL archive |
| Timelines: | family | ancestors | descendants | both | trunk |
| Files: | files | file ages | folders |
| SHA1: | 65c2141b7d64ada3c801da2d8704b6fe3b602e4e |
| User & Date: | EnricoGiampieri 2017-03-12 10:55:31 |
Context
|
2017-03-13
| ||
| 23:29 | terminata la lezione 7 check-in: 6561f8c970 user: EnricoGiampieri tags: trunk | |
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2017-03-12
| ||
| 10:55 | slide della lezione 7, dimenticate nel precedente commit check-in: 65c2141b7d user: EnricoGiampieri tags: trunk | |
| 10:53 | dati per l'esercizio della lezione 7 check-in: 19616c12c9 user: EnricoGiampieri tags: trunk | |
Changes
Changes to Lezione 7 - Data pipeline e Snakemake.html.
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<div class="cell border-box-sizing text_cell rendered"> <div class="prompt input_prompt"> </div> <div class="inner_cell"> <div class="text_cell_render border-box-sizing rendered_html"> <h3 id="sentinel-files">sentinel files<a class="anchor-link" href="#sentinel-files">¶</a></h3><p>Concetto molto semplice, creo file vuori come controlli, poi li cancello quando non mi servono più.</p> <p>Posso aggiornarli con un <code>touch</code> per renderli più nuovi.</p> </div> </div> </div> <div class="cell border-box-sizing code_cell rendered"> <div class="input"> <div class="prompt input_prompt">In [ ]:</div> |
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<div class="cell border-box-sizing text_cell rendered"> <div class="prompt input_prompt"> </div> <div class="inner_cell"> <div class="text_cell_render border-box-sizing rendered_html"> <h3 id="sentinel-files">sentinel files<a class="anchor-link" href="#sentinel-files">¶</a></h3><p>Concetto molto semplice, creo file vuori come controlli, poi li cancello quando non mi servono più.</p> <p>Posso aggiornarli con un <code>touch</code> per renderli più nuovi.</p> </div> </div> </div> <div class="cell border-box-sizing text_cell rendered"> <div class="prompt input_prompt"> </div> <div class="inner_cell"> <div class="text_cell_render border-box-sizing rendered_html"> <h2 id="Esercizio">Esercizio<a class="anchor-link" href="#Esercizio">¶</a></h2><p>Nel sito trovate un link a dei file per questa lezione, ciascuno con dentro una semplice tabella che indica una sequenza di versamenti fatti da delle persone.</p> <p>Ci sarà anche un file che indica gli hash md5 per ciascuno di questi file.</p> <p>Scrivete una pipeline che li scarichi, controlli che la md5 hash è quella attesa, caricate i dati e scrivete in un file il totale risultante per ciascuna persona.</p> <ul> <li>La cartella la trovate all'indirizzo <code>https://chiselapp.com/user/EnricoGiampieri/repository/DataProgrammingCourse/doc/tip/snakemake_exercise/</code></li> <li>ci sono 50 file chiamati transazioni_{}.tsv con l'indice da 00 a 49</li> <li>il file di controllo degli hash è <code>md5sums.tsv</code></li> </ul> </div> </div> </div> <div class="cell border-box-sizing text_cell rendered"> <div class="prompt input_prompt"> </div> <div class="inner_cell"> <div class="text_cell_render border-box-sizing rendered_html"> <h3 id="suggerimenti">suggerimenti<a class="anchor-link" href="#suggerimenti">¶</a></h3><ul> <li>la funzione di hash può essere implementata in python o con il comando da terminale <code>md5sum</code></li> <li>i file possono essere scaricati da terminale con <code>wget</code> oppure da python con la libreria <code>requests</code></li> <li>usate le wildcard per ottenere i file, o non finite più!</li> </ul> </div> </div> </div> <div class="cell border-box-sizing code_cell rendered"> <div class="input"> <div class="prompt input_prompt">In [ ]:</div> |
Changes to Lezione 7 - Data pipeline e Snakemake.slides.html.
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<div class="cell border-box-sizing text_cell rendered"> <div class="prompt input_prompt"> </div> <div class="inner_cell"> <div class="text_cell_render border-box-sizing rendered_html"> <h3 id="sentinel-files">sentinel files<a class="anchor-link" href="#sentinel-files">¶</a></h3><p>Concetto molto semplice, creo file vuori come controlli, poi li cancello quando non mi servono più.</p> <p>Posso aggiornarli con un <code>touch</code> per renderli più nuovi.</p> </div> </div> </div> <div class="cell border-box-sizing code_cell rendered"> <div class="input"> <div class="prompt input_prompt">In [ ]:</div> |
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